Utredningen, som utförts av företaget Kroll, startades efter att generaldirektören Ferran Reverter slagit larm i oktober.
Nuvarande ordföranden Joan Laporta sade på en presskonferens att utredningen resulterat i att oegentliga utbetalningar hittats. Det handlar bland annat om oproportionerliga och felregistrerade sådana.
Klubben ska, med anledning av utredningens resultat, ha gjort en anmälan hos åklagare i Barcelona under förra veckan och enligt källor till AFP ska en brottsutredning ha påbörjats.
Enligt Ferran Reverter hade klubben skulder på över 1,35 miljarder euro, motsvarande ungefär 14 miljarder kronor, när det nuvarande ledarskapet tog över.
Barcelonas ekonomiska problem har bland annat gjort att man tappat storstjärnan Lionel Messi till Paris Saint-Germain. Flera spelare har dessutom kapat sina löner för att ge klubben möjlighet att värva nya.
En av juristerna som jobbat med utredningen, Jaume Campaner, tillbakavisar påståenden om att utredningen är en smutskastningskampanj av den tidigare ledningen.
– Det handlar inte om att peka ut någon eller att beskriva den tidigare ledningen som bättre eller sämre. Det handlar om att överlåta information till myndigheterna som utreder brott och att slå tillbaka mot den här typen av beteende, som är väldigt allvarligt kriminellt beteende, säger han under presskonferensen.