De civilklädda soldaterna jagade misstänkta attentatsmän från den terrorstämplade gruppen Abu Sayyaf när de angreps av poliser, uppger militären.
Arméchef Gilbert Gapay har anklagat de nio inblandade poliserna för att ha mördat soldaterna, medan polisen beskriver händelsen som ett misstag.
– Vi vill inte att detta ska eskalera. Vi vill gå till botten med vad som hänt, säger försvarsminister Delfin Lorenzana, som tillägger att resultatet av utredningen kommer att presenteras inom kort.
Poliserna har frihetsberövats medan utredningen pågår, uppger inrikesminister Eduardo Ano.