Joakim Hansson arbetade många år som lektor vid Högskolan på Gotland, där han bland annat var med och byggde upp föremålsantikvarieprogrammet. Han fortsatte att undervisa vid Uppsala universitet Campus Gotland, där han var anställd till början av 2017.
Under flera år var Joakim Hansson byggnadsantikvarie vid länsstyrelsen, med ansvar för kyrkoantikvariska frågor.
När Visby blev världsarv 1995 föreslog Joakim Hansson att all bebyggelse i innerstaden borde kartläggas och dokumenteras, ett arbete som omfattade 1 958 byggnader och som tog sju år att fullborda. Intresset för innerstans arkitektur resulterade i ett flertal artiklar.
Joakim Hansson blev en av Visbys kulturprofiler, vilket bland annat ledde till att han utsågs till tysk borgmästare under Medeltidsveckan 2003.
Som ordförande för Brucebostiftelsen skottskadades Joakim Hansson svårt i december 2008, i samband med att stiftelsen påbörjat arbetet med att tömma det gamla konstnärshemmet på inventarier. Stiftelsen hade en tvist med dåvarande hyresgästen, som sköt Joakim Hansson i ryggen. Han blev liggande utanför huset lång tid innan han kunde tas omhand för vård.
Joakim Hansson fortsatte som stiftelsens ordförande, men var enligt stiftelsens hemsida tjänstledig den sista tiden.