Den islamiska antisemitismen går tillbaka till Muhammeds tid, då profeten misslyckades med att omvända Medinas judar till islam. År 629 angreps de judar som förskansat sig i ett fort i oasen Khaybar i nordvästra Arabien, och Hadith - muntlig islamisk tradition - hävdar att de segerrika muslimska skarorna dödade de judiska ledarna och tog deras kvinnor och barn till slavar. Det var till minne av denna händelse som aktivisterna på Mavi Marmara, när de lämnade hamnen i Antalya den 22 maj 2010, sjöng "Khaybar, Khaybar - ya Yahud, jaysh Muhammad saufa ya’ud“, vilket ungefär betyder "Khaybar, Khaybar - o judar, Muhammeds armé ska återvända“.
Dhimmi var folk som bodde i muslimska länder men utövade en annan religion än islam. De hade rätt till visst beskydd men hade lägre status i den islamiska hierarkin än det muslimska "herrefolket“ enligt sharíalagarna. Särskilt judarna - det besegrade folket - föraktades medan de kristna hade högre status - de hade under korstågen visat sig jämbördiga som krigare. Judarna kunde förföljas men judehatet tog sig mindre våldsamma uttryck än i det kristna Europa. Det ottomanska imperiets politik på 1800-talet siktade på sekularisering och likställdhet för de religiösa grupperna.
Balfourdeklarationen 1917 välkomnades av många muslimer som såg de driftiga sionisterna som en möjlighet att utveckla Palestina - så har förvisso också skett - och ett medel att närma sig det framgångsrika Europa. Ledande bland muslimer som önskade en fredlig utveckling i samlevnad med judarna var den inflytelserika Nashashibi-klanen, som hade invandrat till Jerusalem 1469. Dess främste företrädare under det brittiska mandatets tid var Raghib al-Nashashibi, borgmästare i Jerusalem.
Men det var inte alla muslimer som ville erkänna de föraktade judarnas jämbördighet.
Främst bland dessa var Amin al-Husseini, utnämnd till stormufti av Jerusalem av den höge brittiske kommissionären Sir Herbert Samuel som trodde sig kunna samarbeta med honom trots hans radikalism. Men al-Husseini var rabiat antisemit och låg tillsammans med Aref al-Aref bakom oroligheterna 1920, initierade massakern på 67 judar i Hebron 1929 och omintetgjorde Peel-planen för Palestinas delning i två stater 1937. Al-Husseini beundrade Hitler och hade samma mål: mord på all världens judar. Efter Rashid Alis misslyckade kupp i Irak 1941 flydde han till Tyskland, och han belönades med en stark kortvågssändare, Radio Zeesen söder om Berlin, som sände arabiska antisemitiska program under kriget. En av de ivrigaste lyssnarna var den blivande ayatollan Ruhollah Khomeini. Nyligen upptäckta dokument i tyska utrikesdepartementet samt militärarkivet i Freiburg visar, att nazisterna planerade en utrotning av de palestinska judarna vid en eventuell seger mot britterna i Egypten.
Al-Husseini dog 1974, och en av de viktigaste arvtagarna är den antisemitiska organisationen Hamas som har gjort Gaza-området till ett fängelse, styrt av sharía-lagar, som medvetet diskriminerar judar, kvinnor och kristna.