Han misstänks för vårdslöshet i sjötrafik och vållande till kroppsskada.
Fällande dom kan ge sex månaders fängelse.
Kammaråklagare Stefan Creutz lämnade in sin stämningsansökan till sjödomstolen vid Stockholms tingsrätt strax före klockan 11 i går.
Av den framgår att han anser att det var befälhavarens oaktsamhet och brist på gott sjömanskap som ledde till att Gotlandia II kolliderade med M/S Gotland i Nynäshamns inlopp på förmiddagen den 23 juli 2009.
Hög fart
Befälhavaren ställs till ansvar både för att fartygen kolliderade och för de kroppsskador som flera av passagerarna ombord drabbades av i samband med krocken.
Det åklagaren betonar är att befälhavaren brustit i gott sjömanskap. Han har inte haft tillräcklig kontroll på vare sig fartygets position, kurs eller fart.
Framför allt handlar det om att han hållit för hög fart. Dels i förhållande till gällande tillstånd och dels med hänsyn till de omständigheter som rådde olycksdagen; svår dimma och möte med annat fartyg bland annat.
Men åklagaren nämner även att det brustit i befälhavarens kommunikation med överstyrmannen.
Befälhavaren själv har i förhör nekat till brottsmisstankarna. Han tycker inte att han varit vårdslös. I stället menar han att det var instrumenten som inte hängde med.
Han tycker inte heller att det var något fel på kommunikationen mellan honom och överstyrmannen under överfärden.
- Den var god, säger han i förhör och beklagar att den "svarta lådan" inte fungerat eftersom man genom den hade kunnat bevisa att kommunikationen varit god.
Han har berättat att det stundtals rådde dimma och att man haft samtliga tillgängliga hjälpmedel som radar, sjökort med mera tillgängliga. Vid Gunnarstenarna rådde tät dimma varför mistlurarna sattes på.
Det var en bit därifrån som kollisionen inträffade, vid Finnhällorna.
Mänskliga faktorn
Befälhavaren uppger att han var förvånad över att M/S Gotland kom på hans styrbordsida, han menar att man kommit överens om att mötas barbord mot barbord. Han gör bedömningen att han i det läget måste fortsätta framåt, och för att försöka minimera skadorna ger han samtidigt order om att öka farten. När det är 20 meter mellan fartygen reduceras dock farten till 0.
I förundersökningen beskrivs att bogen på M/S Gotland i det läget blir som en konservöppnare. "Bogen på fartyget Gotland förorsakar skador på en längd av 50 meter och ett djup av 1,5 - 2 meter på Gotlandia II", står det sen.
Befälhavaren vill skylla olyckan på den mänskliga faktorn. Han har också sagt att Gotlandia II hamnade längre söderut än han hade tänkt sig och att "Gotland" kom i en nordligare gir.
15 personer skadades
Ett flertal passagerare skadades, 15 personer anser att deras skador bör leda till åtal. Det handlar om skador i nacke, axlar, knän och fötter. Frakturer på revben samt i ett par fall skador av glassplitter. Sju av de skadade passagerarna räknas som målsägande i åtalet.
Rättegången mot befälhavaren beräknas ta två dagar. Om han fälls för de brott han nu åtalats för kan han som mest dömas till fängelse i sex månader.