Kritiken gäller skötseln av Gotska sandön, som länsstyrelsen delar nästan till hälften med Naturvårdsverket.
I en skriftlig överenskommelsen med Naturvårdsverket från 2003, ska Naturvårdsverket betala länsstyrelsen för förvaltningsansvaret som då lämnades över till länsstyrelsen.
Sedan dess har länsstyrelsen haft rätt till betalning för förvaltningsansvaret.
Man har visserligen fått pengar av Naturvårdsverket, men inte den del som gäller överenskommelsen.
Men några pengar för förvaltningsansvaret har inte kommit till länsstyrelsen. Och länsstyrelsen har å sin sida inte efterlyst bidraget heller.
Det här upptäckte Riksrevisionen när man gick igenom och granskade länsstyrelsens årsredovisning för förra året.
Därför rekommenderar nu revisorerna att länsstyrelsen tar tag i saken, uppmärksammar Naturvårdsverket på att den faktiskt är skyldig länsstyrelsen på Gotland pengar och "stärker sin ekonomiska uppföljning".
Totalt handlar det om åtta miljoner kronor. Fyra miljoner är för Gotska sandön och lika mycket för andra skötselanslag för övriga skyddande områden.
Länsstyrelsen skriver i ett pressmeddelande att man tar Riksrevisionens kritik på största allvar och att man ska bli bättre på att följa upp "sin ekonomiska styrning vad gäller projekt".
Man poängterar också att man ligger i en tvist med Naturvårdsverket om hur den framtida skötseln ska drivas. Diskussioner förs med både Naturvårdsverket och Försvarsmakten.
I dagsläget gör Naturvårdsverket en större översyn av samtliga nationalparker som kostar dem mycket pengar. Gotska sandön tillhör en av de mest kostsamma.