Byggnaderna på Gotska Sandön har underhållits kontinuerligt. Det måste ske enligt de skyddsbestämmelser som gäller sedan 2000. Så har inte alltid gjorts. Bland annat har fasaderna på byggnaderna i fyrbyn ändrats utan att tillstånd sökts. Det gäller även en ytterdörr som bytts och ett källartak som fått ny takbeklädnad.
En av byggnaderna har dock inte underhållits alls. Vatten tränger in och hotar att skada fyrtornet, som Sjöfartsverket ansvarar för. Efter kraftiga regn står vatten på golvet längs ner i tornet. Väggarna har börjat att rosta. Riksantikvarieämbetet kräver nu att Sjöfartsverket åtgärdar fyren under 2020.
Dessutom vill Riksantikvarieämbetet att åtgärder vidtas mot den höga luftfuktigheten i Tomtebo och Bourgströms jaktstugor. De är byggda i slutet av 1800-talet och början av 1900-talet. Fukten hotar att skada tapeter, målade ytskikt och den fasta inredningen.
Det är Naturvårdsverket som ansvarar för byggnadsminnet. Den praktiska förvaltningen har dock delegerats till länsstyrelsen, som i sin tur överlåtit en del av arbetet till hembygdsföreningen. Riksantikvarieämbetet slår dock fast att det är Naturvårdsverket som har det yttersta ansvaret för att underhåll görs på rätt sätt och dokumenteras.
Trots en rad anmärkningar bedömer Riksantikvarieämbetet att byggnadsminnet på Gotska Sandön, som förutom fyrbyn och jaktstugorna även omfattar Gottbergs lada, gamla gården och en skogshuggarbarack, är i gott skick.