Sammandrabbningar vid gränsen krävde minst 49 liv tidigare i veckan.
Beskedet om vapenvila kommer i ett gemensamt uttalande från de båda länderna.
Kirgizistan har uppgett att 34 personer, varav tre civila, dödades i veckans strider samt att 132 skadades på den kirgiziska sidan.
I Tadzjikistan uppger lokala myndighetskällor att 15 personer dödades i sammandrabbningarna, som utlöstes av en konflikt om en vattenreservoar och pumpstation i området.
Båda sidor gör anspråk på anläggningen som ligger i anslutning till floden Isfara.