Uppgiften kommer från styrande Hamas i Gaza, som fick beskedet på söndagen. Övergången stängs åt båda hållen.
Enligt egyptiska myndigheter gäller beslutet tills vidare. Någon anledning till gränsstängningen anges inte.
Gränsövergången öppnades i maj, efter elva dagarna av våldsamma sammandrabbningar mellan Israel och Gaza. Rafah öppnades för att underlätta för sårade att få vård och att skicka nödhjälp till Gazabor.
I helgen har nya sammandrabbningar skett mellan israeliska styrkor och palestinier i Gaza vid gränsen mellan Israel och Gaza.