Israelisk polis uppger att den utsattes för "tung beskjutning på nära håll" i samband med sökandet efter en brottsmisstänkt person i lägret.
– Gränspolisen besvarade terroristernas eldgivning och oskadliggjorde dem. Vår sida led inga förluster, säger en polistalesperson.
Den palestinska myndigheten talar i stället om ett "avskyvärt brott" och anklagar Israel för "eskalering".
Några timmar efter skottlossningen i Jenin avfyrades en raket från Gaza, som stoppades av Israels luftvärnssystem.
Ingen grupp har tagit på sig ansvaret för raketangreppet, det första sedan den 21 maj då eldupphör utlystes efter en elva dagar lång konflikt mellan Israel och terrorstämplade Hamas. Under den konflikten dödades 260 palestinier samt 13 israeler.