Israeliska armén uppger att händelsen inträffade vid en insats under natten mot tisdagen, då en misstänkt person skulle gripas.
"Under insatsen besköts styrkorna med skarp eld från hustak. Styrkorna besvarade elden, i riktning mot beskjutningen", skriver man i ett uttalande.
I samband med detta ska kravaller ha brutit ut, och israeliska soldater fått föremål kastade på sig från omkringliggande hustak.
"Ett antal soldater fick då syn på en misstänkt på ett tak, som höll ett stort föremål i sina händer, som han försökte kasta på en soldat som stod nedanför byggnaden", fortsätter armén.
"En av soldaterna svarade med att skjuta skarpt, och en träff konstaterades."
Oroligheter, inte sällan med dödlig utgång, förekommer regelbundet på den palestinska Västbanken, som ockuperas av Israel sedan 1967.