Bijleveld har initialt vägrat avgå men föll till sist för trycket då parlamentet formellt utestängt henne från debatten om evakueringsinsatsen. Hundratals nederländska medborgare samt afghaner med koppling till landet, bland dem tolkar, lämnades strandade i Afghanistan.
– Jag vill inte stå i vägen för det viktiga arbetet, sade Bijleveld med hänvisning till kollegor som fortfarande försöker få ut människor ur landet.
Dagen före slog parlamentet fast att utrikesministern Sigrid Kaag bar det yttersta ansvaret för regeringens långsamma respons på talibanernas framfart, och för misslyckandet att inte under ordnade och säkra former evakuera människor med koppling till Nederländerna från Afghanistan.
De nederländska ministrarna är bland de första i Europa att ta konsekvenserna av kaoset i Kabul den 15 augusti samt de efterföljande dagarna.
Även Storbritanniens utrikesminister Dominic Raab har tvingats lämna sin post på grund av händelserna i Afghanistan.