Enligt regeringspartiet FSLN valdes han och vicepresidenten, hustrun Rosario Murillo, enhälligt vid partiets kongress.
75-årige Ortega, som anklagas för ett alltmer auktoritärt styre, har suttit vid makten sedan 2007.
Under de senaste två månaderna har över 30 oppositionspolitiker gripits, därav sju presidentaspiranter. Valet i det centralamerikanska landet är planerat till den 7 november.
Under måndagen införde EU sanktioner mot vicepresident Murillo samt sju andra personer. En son till president Ortega finns också med på listan, som nu omfattar 14 nicaraguaner i ledande ställning. Bestraffningen innebär att de inte får resa i EU-området, att deras eventuella tillgångar fryses och att de inte får göra affärer med personer och företag inom EU. Sanktionerna motiveras med att personerna i fråga "är ansvariga för brott mot mänskliga rättigheter i Nicaragua och/eller har underminerat demokratin och rättsstaten".