Enligt den lokala polisen var självmordsbombarens mål den regionala guvernören som befann sig inne i kaféet.
– En terrorist och självmordsbombare sprängde sig själv utanför Suweys kafé och dödade sex personer, målet var guvernör Ali Wardheere men han överlevde attacken, säger en polis till nyhetsbyrån AFP.
Baidoa är belägen cirka 25 mil nordväst om huvudstaden Mogadishu.
Den extrema jihadiströrelsen al-Shabaab har via en av sina propagandakanaler låtit meddela att man ligger bakom dådet och att guvernören var målet.
Gruppen genomför regelbundet attentat mot civila och mot regeringsmål i det östafrikanska landet.