Den 79-årige Habré dog i virussjukdomen covid-19 enligt lokala medier.
Han grep makten i centralafrikanska Tchad 1982 och införde en järnhård regim. Uppskattningsvis dödades runt 40 000 människor och över 200 000 torterades under hans diktatur.
1990 kastades Habré själv ur sadeln och han flydde till Senegal i Västafrika.
En rättegång inleddes i den senegalesiska huvudstaden Dakar 2015 och året därpå dömdes Habré för en lång rad grova brott till fängelse livet ut.