Beslutet att dra tillbaka halva styrkan, som ingår i den så kallade G5-insatsen, sades vara "strategisk" för att bättre kunna bemöta terrororganisationers framfart i Mali, Niger och Burkina Faso.
Insatsen inleddes 2017, och fem länder i regionen ingår i försöken att stoppa terrorgruppernas attacker.
– Vi behöver en rörligare styrka, med tanke på hur utvecklingen ter sig på marken. Men vi har fortfarande 600 soldater kvar på plats, säger militärens talesperson Abderaman Koulamallah.
Även Frankrike ingår i den militära insatsen. Paris meddelade nyligen att man minskar antalet soldater på plats från omkring 5 000 till mellan 2 500 och 3 000 soldater.
Brittiska utrikesdepartement listar minst sju terrorgrupper, bland dem Boko Haram, som aktiva i området.