Bakom segern låg ett mål var av Andreas Lindqvist och Amir Reza Moradzadeh.
Segern var IFK Visbys fjärde på de senaste fem matcherna.
Visby AIK har en vinst, en oavgjord och tre förluster på de senaste fem matcherna.
För tabellens utseende betyder det här att Visby AIK ligger på sjunde plats medan IFK Visby har tredjeplatsen.
På onsdag 1 juni 19.00 spelar Visby AIK borta mot Levide, och IFK Visby hemma mot Visby BoIS.