I andra halvlek kom Viljan närmare, men IFK Visby kunde hålla undan till seger 2-1.
IFK Visbys mål gjordes av Philip Leal och Carl Starkenberg. Adnan Cirak stod för Viljans enda mål.
Viljan vann senast lagen möttes, 2006, med 3-2.
Lördag 13 april 17.00 spelar IFK Visby hemma mot Älta.