Sverige inledde med högt tryck och var snäppet farligare än gästerna. Det svenska ledningsmålet efter en dryg halvtimme när Rami Hajal slog till på volley efter ett fint inlägg från Emil Holm.
Montenegro var inte sena med att replikera. Sverige hann knappt fria klart innan Zaim Divanovic kom ensam med full fart. Skottet räddades dock undan av Samuel Brolin i det svenska målet.
Sverige fortsatte att vara det bättre laget och utökade ledningen både en och två gånger. Manchester United-proffset Anthony Elanga avslutade det svenska målskyttet med 22 minuter kvar efter en solouppvisning.
Drömminuter för Montenegro
Men Montenegro skulle få några drömminuter i matchens slutskede. Med åtta minuter kvar reducerade Omar Sijaric och med två minuter kvar på klockan pekade domaren på straffpunkten efter en tilltrasslad situation i det svenska straffområdet.
Brolin räddade dock straffen och matchen var vunnen.
– Vi är bra på att scouta våra motstånd på förhand, säger Brolin till C More om straffen
– Det ser bättre ut på tv än det kändes i verkligheten. Jag tänkte att i slutet av matchen är man lite trött och då kanske han går till sitt rätta hörn, det är någonting jag kanske inte ska dela i tv, säger Brolin om sin strafftaktik.
Han är också väldigt nöjd med hur matchen slutade.
– Det är solklara tre poäng hela vägen in. Gör man tre mål ska man vinna matcher.
Sverige toppar grupp F på tio poäng efter fyra spelade matcher, en poäng mer än Italien som dock bara spelat nio.
U21-EM 2023 spelas juni-juli i Georgien och Rumänien. Kvalet dit spelas i nio grupper där gruppsegrarna samt den bästa grupptvåan går till slutspelet. De åtta övriga grupptvåorna gör upp om fyra platser i ett playoff.