Laget ligger på samma poäng som tvåan Hangvar men toppar tabellen. Efter söndagens match i Ica Maxi Arena ligger Visby AIK på fjärde plats.
Segern var Visby BoIS:s femte på de senaste sex matcherna.
Visby BoIS tog ledningen i första halvleken genom Elias Hallin.
Visby AIK gjorde 1-1 genom Robin Aalto Appelqvist i nionde minuten av matchen.
Visby BoIS gjorde dock två snabba mål i matchen och gick från 1-1 till 1-3, målen av Erik Kellström och Arvid Norman.
Visby AIK reducerade dock på nytt till 2-3 genom Jakob Ström i 17:e minuten av matchen. I 21:a minuten i andra halvleken slog Samuel Vestergren till, och gjorde 2-4.
Visby AIK:s William Berg gjorde 3-4 i 22:a minuten. Fler mål än så blev det inte för Visby AIK.
Erik Kellström reducerade till 3-5 i 29:e minuten.
Samuel Vestergren gjorde 3-6 för Visby BoIS i 36:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 3-6.
Lagens första möte för säsongen vann Visby BoIS med 4-3.
På lördag 8 februari 14.00 spelar Visby AIK hemma mot Fardhem Garda, och Visby BoIS borta mot Fårösund.